Nel 2019 l’arch. Marco Galli è nominato Presidente, il canonichese Giancarlo Lecchi Coordinatore, cui succede nel 2020 la giovane Coordinatrice cornatese Tiziana Pirola; oltre al comitato dei Sindaci, siedono al loro fianco Vittorio Alberganti e Luigi Gasparini in rappresentanza delle associazioni e degli operatori economici territoriali. Cristian Bonomi partecipa a questo equipaggio con l’incarico di referente scientifico.
Nel gennaio 2022 è venuto a mancare Vittorio Alberganti nei mesi successivi la rappresentanza delle associazioni è passata a Luigi Gasparini mentre la rappresentanza degli operatori economici territoriali è stata assunta da Lucia Colombo.
Nel febbraio 2023 il Comitato di Gestione e Partecipazione ha eletto il robbiatese Gianfranco Brivio Presidente e Erika Maria Grandi coordinatore.
L’Ecomuseo ha sede presso la Casa del Custode della Acque, via Alzaia Sud 3, Vaprio d’Adda (20069, Mi).
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